วิธีการรักษาโรคทุกอย่างล้วนมีทั้งประโยชน์และโทษเสมอ ไม่ว่าจะเป็นการใช้ยา,การผ่าตัด,กายภาพบำบัด,การบำบัดทางจิต ฯลฯ รวมทั้งการฝังเข็มก็ไม่มีข้อยกเว้นเช่นกัน

อันตรายที่อาจพบได้จากการฝังเข็ม ได้แก่
1. เลือดออก เป็นอาการข้างเคียงที่พบได้เสมอมักเกิดจากการปักเข็มไปถูกเส้นเลือดเล็กๆใต้ผิวหนังซึ่งบางครั้งไม่สามารถมองเห็นหรือหลีกเลี่ยงได้เหมือนกับการฉีดยาทั่วๆไป โดยมีเลือดซึมออกจากรูเข็มเล็กน้อย ส่วนใหญ่จะหยุดได้เองโดยใช้ก้อนสำลีกดเอาไว้ชั่วขณะ บางครั้งอาจเห็นเป็นรอยจ้ำเลือดเล็กๆซึ่งจะหายไปได้เองภายใน 2-3 วัน
2. ปักเข็มถูกอวัยวะภายในที่สำคัญ เป็นอันตรายที่ร้ายแรงซึ่งมักเกิดจากแพทย์ฝังเข็มที่ ไม่ชำนาญในด้านกายวิภาคศาสตร์
3. การติดเชื้อ เป็นอันตรายที่เกิดจากการรักษาที่ใช้เข็มไม่สะอาดหรือใช้เข็มปะปนกัน ถ้าหากทำการแยกเข็มหรือใช้เข็มที่สะอาดผ่านการฆ่าเชื้อโรคมาแล้ว
และมีการฆ่าเชื้อทำความสะอาดผิวหนังตามหลักการแพทย์แล้วก็สามารถจะหลีกเลี่ยงปัญหาข้อนี้ได้ ปัจจุบันนี้การฝังเข็มที่มีมาตรฐานจะต้องใช้ระบบ"เข็มแบบใช้ครั้งเดียวทิ้ง"
เท่านั้น จึงเป็นการป้องกันการติดเชื้อระหว่างบุคคลได้อย่างแน่นอน
4. อาการเป็นลม มักพบในผู้ป่วยที่หวาดกลัวเข็มหรือตื่นเต้นกังวลมากๆโดยมีอาการวิงเวียนศีรษะคล้ายกับเป็นลมหน้ามืด สามารถป้องกันได้โดยให้ผู้ป่วยอยู่ในท่านอนขณะฝังเข็ม
ในรายที่กลัวเข็มมากๆ ควรหลีกเลี่ยงใช้การฝังเข็มรักษาโรคจะดีกว่า เพราะผลการรักษามักจะไม่ค่อยได้ดีเท่าที่ควร
การฝังเข็มที่ทำโดยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญนั้น แทบจะไม่มีอันตรายอะไรเลย
จากการสำรวจของ Traditional Acupuncture Institute (TAI) ของสหรัฐอเมริกาเมื่อปีค.ศ. 1991 ในผู้ป่วยชาวอเมริกันที่ไปรับการรักษาโรคด้วยการฝังเข็มจำนวน 575 ราย พบว่า
ไม่มีรายงานอันตราย "ร้ายแรง" เกิดขึ้นเลยแม้แต่รายเดียว มีเพียงแค่ 24.6% เท่านั้นบอกว่า เคยมีเลือดออกหรือรอยจ้ำเลือดบริเวณผิวหนังที่ถูกปักเข็มเพียงเล็กน้อย

องค์การอนามัยโลกมีความเห็นว่า
การฝังเข็มเป็นที่นิยมใช้กันแพร่หลายทั่วโลก เนื่องจากมันสามารถนำเอาไปปฎิบัติได้ง่าย มีผลข้างเคียงน้อยและประหยัด